有機肥生產線在加工有機肥的情況下，需要進行發酵處理，現在一般使用發酵催熟堆腐方式進行處理。
    準備好所需原料：米糠（稻米糠、小米糠等各種米糠）、油餅（菜籽餅、花生餅、蓖麻餅等）、豆粕（加工豆腐等豆制品后的殘渣，無論何種豆類均可）、糖類（各種糖類和含糖物質均可）、泥類、黑炭粉、沸石粉、酵母粉。按照米糠14.5%、油餅14.0%、豆粕13.0%、糖類8.0%、水50.0%、酵母粉0.5%比例配方，先將糖類加于水中，攪拌溶解后，加入米糠、油餅、豆粕，經過充分攪拌、混合后，堆放。在60℃以上的溫度下發酵30天至50天。再用黑炭粉或沸石粉按照1：1重量進行配比，進行摻和稀釋，仔細攪拌均勻即成。
    先將糞便風干至含水分30%～40%。將糞便與切碎稻草等膨松物按照重量100：10比例進行混合，每100kg混合肥中加入1kg催熟粉，充分拌和均勻，在堆肥舍中堆積成高1.5m～2.0m的肥堆，發酵腐熟。發酵期間，根據堆肥溫度變化，判定堆肥發酵腐熟程度。當氣溫達到15℃時，堆積后三天，堆肥表面以下30cm位置溫度可達70℃，堆積10天后可進行翻混。翻混時，堆肥表面以下30cm位置的的溫度可達80℃，幾乎無臭。翻混后10天，進行二次翻混。翻混時，堆肥表面以下30cm位置的溫度為60℃。再過10天，三次翻混時，堆肥表面以下30cm位置溫度為40℃，翻混后溫度為30℃，水分含量達    30%左右。之后不再翻混，待后熟。
    后熟一般需要3d～5d，極限可達10d。后熟完成，堆肥制成。高溫堆腐可以把糞便中的蟲卵和雜草種子殺死，大腸桿菌也會明顯減少，達到有機肥無害化處理。
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